تقریبا یکصد و سی سال پس از حمله اعراب به اصفهان، ایوب بن زیاد حاکم عرب اصفهان در دهکدهای به نام خوشینان که در کنار نهر فرسان قرار داشت، قصر و بازار و مسجدی بنا کرد. مسجدی که گفته می شود اولین مسجد اسلامی در این منطقه بوده. منطقهای که بعدا به نام اصفهان شناخته شد.
شاید امامزاده اسماعیل و محدوده تاریخی آن بازماندگانی از همین مسجد باستانی باشند. دهکده خوشینان که احتمالا در مکان کنونی خیابان هاتف بوده، در آن روزگار بین دو شهرک عمده اصفهان قرار داشت. یکی شهرک جی با مرکزیت شهرستان (محدوده کنونی پل شهرستان) که عموما زرتشتینشین بودند و دیگری شهرک یهودیه (محله جوباره کنونی) که یهودیان دوران تبعید بخت النصر یا زمان آشوریان یا در عصر یزدگرد اول ساسانی به اینجا آمده بودند.
با استقرار اعراب در خوشینان، مرکزیت شهر اصفهان به مرور به ابن نقطه منتقل میشود. اما با گسترش یهودیه و تلفیق آن با اردوگاه اعراب، شهرستان از رونق میافتد و این لحظه تولد شهر اصفهان امروزی است. تولدی که میتوانیم ردپای آن را در محدوده تاریخی امامزاده اسماعیل، مقبره شعیا نبی و محله باستانی خوشینان پیگیری کنیم.
بخشهایی از بنای فعلی امامزاده متعلق به دوران سلجوقی و بخشهای دیگر مربوط به دوران صفوی است که آن را میتوان از کتیبهها و سنگنوشته روی قبرها و تزیینات بنا دریافت کرد.
گنبد مزین شده به کاشی معرق این بنا که در دوران صفویه صورت گرفته است و اکنون به نظر می رسد که کاشی های آن درحال فروریختن هستند با گذشت زمان و همچنین شرایط جوی پیش رو در فصل جاری، شرایط بدتری پیدا خواهند کرد.